Osmanlı devleti sınırları içinde 1820 yılından itibaren, çoğunluklada 1880 sonrasında Amerikalı, Fransız, Alman, İtalyan, Rus, İngiliz, İran , Avusturya-Macaristan gibi devletlerin misyonerleri tarafından binlerce misyoner okulu açılır.
İşte o okullardan biride Boğaziçi sırtlarında 1863 yılında Amerikalı Dr. Cyrus Hamlin tarafından kurulan Robert Kolejdir.
Özellikle Bulgaristan´ın kurulmasında Bulgar Çetecilerin yetiştiği yerdir. Ermeni, Rum ve diğer etnik menşeli insanın yetiştiği yerdir.
1968 yılında başlayan öğrenci olayları sonunda özellikle solcu öğrencilerin diretmesiyle Amerikalılar ile Milli Eğitim Bakanlığının anlaşması üzerine Türkiye Cumhuriyetine devredilen bu tarihi okul binalarıyla birlikte Hükümetin aldığı kararla üniversiteye dönüştürülmüş ve o yıldan beride Boğaziçi Üniversitesi olarak Türk Milli Eğitim sistemine hizmet etmektedir.
1971 yılından sonra Tüm rektörleri Türk olup Dönemsel olarak Üniversitelerin bağlı olduğu kanunlara göre yönetilmiştir. Rektörlerde dönemlerinde seçilme biçimine göre seçilmiş günümüze gelmiştir.
Prof. Dr. Aptullah Kuran (1971-1979)
Prof. Dr. Semih Tezcan (1979-1982)
Prof. Dr. Ergün Toğrol(1982-1992)
Prof. Dr. Üstün Ergüder (1992-2000)
Prof. Dr. Sabih Tansal (2000- 2004)
Prof. Dr. Ayşe Soysal (2004- 2008)
Prof. Dr. Kadri Özçaldıran (2008- 2012)
Prof. Dr. Gülay Barbarosoğlu (2012- 2016)
Prof. Dr. Mehmed Özkan (2016-2021)
Prof. Dr. Melih Bulu (2021- )
